MySQL хранит базы данных на диске в виде файлов. Каждая база данных хранится в отдельной директории на диске. Директория имеет имя, соответствующее имени базы данных. В директории базы данных хранятся файлы таблиц, индексов и других объектов. Также в директории базы данных хранятся данные о правах доступа к базе данных.