Putty хранит настройки в файле конфигурации, который называется «putty.ini». Он находится в папке пользователя в папке «Application Data» или «AppData». На Windows XP он находится по адресу «C:Documents and Settings[Имя пользователя]Application DataPutty». На Windows Vista и более поздних версиях он находится по адресу «C:Users[Имя пользователя]AppDataRoamingPutty». На Mac OS X он находится в папке «~/Library/Application Support/Putty».